O samej światyni informacje może przesłac PRZEWODNIK PO KRAKOWIE.
Organy w bazylice
Warto zatrzymać się nad zewnętrznym wyglądem nowego instrumentu, bowiem zapisy archiwalne dostarczają cennych informacji na temat dekoracji prospektu organowego. Ogólny kształt fasady obiektu można jednak odtworzyć tylko hipotetycznie, biorąc za wzór dwa zachowane XVII-wieczne prospekty organowe znajdujące się w następujących świątyniach:
1) Bazylika św. Andrzeja w Olkuszu;
2) Kościół św. Jakuba w Lewoczy na Słowacji.
Oba prospekty są reliktami organów budowanych dwiema fazami: przez H. Humla i J. Nitrowskiego, a ponadto kryjące się za nimi instrumenty są zbliżone swą wielkością do dzieła, jakie Nitrowski pozostawił w Bazylice Mariackiej. A. Sudacka sugeruje zatem, że jest to materiał porównawczy pozwalający na rekonstrukcję omawianego obiektu, aczkolwiek w dekoracji obu wspomnianych prospektów widoczne są pewne różnice.
Po ukończeniu prac montażowych oraz po zamontowaniu orła na szczycie prospektu, organy nad kazalnicą stały się prawdziwym klejnotem Fary. Uzyskały też nową nazwę. Odtąd bowiem określano je, jako organy pod orłem, bądź, jako organy królewskie, podkreślając w ten sposób ich niezwykle reprezentacyjny wygląd. Instrument ten, kilkakrotnie remontowany, przetrwał do pierwszych lat XIX stulecia. W 1800 roku zawarto kontrakt na budowę nowych organów, w którym sprawę instrumentu królewskiego przedstawiono w sposób następujący: Jako też oddaje się piszczałki z Organu Królewskim nazwanego, prócz [tych] które są w strukturze [prospektu], która w swej figurze i zupełności, tak jako jest na kościół wydana zostać powinna. Łatwo da się zauważyć, że zniszczone piszczałki przeznaczono zatem na przetopienie, jednak uznano, że stary prospekt stanowił jeszcze cenną pamiątkę. Pamiątkę, która w swej figurze i zupełności [&] zostać powinna. Ten ostatni relikt przeszłości również został niebawem uznany za nazbyt zniszczony. Ostatecznie prospekt organów królewskich zniknął z wnętrza kościoła w 1819 roku. Naoczny świadek usunięcia obiektu, Michał Stachowicz, podał ostatni opis zewnętrznej struktury instrumentu: Były w tym kościele nad amboną organy pod sklepieniem nazwane Królewskie, przez króla czyli też za Jego Panowania Zygmunta I [sic!] króla Polaków wystawione; też organy były misternej roboty, zadziwiały gust każdego starożytną sztuką. Nad organami na samym wierzchu był Orzeł znak królestwa Polskiego mechaniczne zrobiony, który oddawał ukłon schylaniem się gdzie natenczas jego skrzydła wznosiły się w górę podczas Świąt Wielkich i innych wotyw gdy było podniesienie. Dalej Stachowicz pisał, co następuje: Także podczas bytności w tym kościele królów Polskich jeszcze za króla Stanisława Poniatowskiego, tego ostatniego z dynastii wolnego wyboru. Ten orzeł wspomniany jemu oddał ostatnie uszanowanie. Już po tym stał się nieudolnym. Ten piękny wątek symboliczny odrodził się w XIX wieku, dlatego też rzeźba orła, uznana za pamiątkę historyczną, ocalała do czasów współczesnych. W latach dwudziestych XIX stulecia, podczas odnawiania sklepienia i tworzenia nowej dekoracji chóru muzycznego, orzeł na pamiątkę czasów dalszych został umieszczony nad nowymi organami zachodnimi (w nawie głównej). Podczas renowacji Bazyliki (w latach dziewięćdziesiątych XIX wieku) rzeźba została powtórne zdjęta i poddana zabiegom konserwatorskim. Po ich zakończeniu figura trafiła do północnej nawy bocznej, a mianowicie do kaplicy Matki Bożej Loretańskiej. Aktualnie XVII-wieczny orzeł eksponowany jest pod zachodnim chórem muzycznym w głównej nawie Fary Mariackiej.
Po zbudowaniu organów królewskich (nad kazalnicą), w XVII wieku, przystąpiono do modernizacji drugiego okazałego instrumentu w Bazylice, a mianowicie organów wielkich. Były one prawdopodobnie identyczne z organami starymi i znajdowały się w nawie głównej, na chórze muzycznym przy zachodniej ścianie świątyni. W 1651 roku w księgach rachunkowych pojawia się nazwisko organmistrza Tomasza Raybera, któremu płacono za postawienie nowych organ. Wobec powyższego mistrz ten rozpoczął budowę instrumentu zachodniego. Prace te zostały przerwane na trzy lata w skutek najazdu szwedzkiego. Później jednak budowę podjęto ponownie. Nowopowstałe organy dysponowały dziesięcioma miechami. Można zatem przypuścić, że był to stosunkowo okazały instrument. Niestety, nie zachowały się bliższe informacje na jego temat. Wiadomo jedynie, że wspomniane miechy usytuowane były na piętrze wieży północnej. Warto nadmienić, że przy tworzeniu prospektu organowego pracowali: Michał Hikiel (stolarz) oraz Marcin Bilowski (snycerz). Organy T. Raybera przetrwały prawie cały XVIII wiek przez większych przekształceń i remontów. Przeprowadzano wówczas jedynie okresowe naprawy miechów oraz przekurzano instrument. Tak długi okres istnienia bez awarii zdaje się dobrze świadczyć o kunszcie organmistrza. Dopiero pod koniec XVIII stulecia stan obiektu znacznie się pogorszył. W 1800 roku, w kontrakcie z Ignacym Ziernickim (vel Żernickim), zaznaczono, że stary organ przez uszkodzenia wielkie i mimo wielu niedostających piszczałek zreperowany nie mógłby być. Zadysponowano również, by stare piszczałki zostały przez Ziernickiego rozebrane własną pomocą. Był to zatem kres istnienia organów T. Raybera.
Jak już wspomniano, w 1800 roku podpisano z I. Ziernickim kontrakt na budowę nowego organu wielkiego przy zachodniej ścianie świątyni. Użyta zgodnie z tradycją nazwa organy wielkie nie do końca odpowiadała rzeczywistej wielkości instrumentu, ponieważ w zachowanej umowie organmistrz przedstawił dyspozycję złożoną z dwudziestu głosów, przy czym wiadomo, że nawet dawne organy królewskie posiadały o dziewięć głosów więcej. Warto w tym miejscu przytoczyć oryginalną dyspozycję zawartą w kontrakcie spisanym pomiędzy I. Ziernickim a ówczesnym archiprezbiterem Kościoła Mariackiego, ks. Karolem Lachmanem.
Powyższa dyspozycja została zacytowana bezpośrednio z kontraktu zawartego w 1800 roku. Dlatego też kolejność głosów, jak również pisownia ich nazw, są zgodne z tym właśnie dokumentem.
W 1801 roku stolarz Józef Schweiger zamontował w kościele nowy chór muzyczny. Dekorację rzeźbiarską tegoż chóru powierzono Ignacemu Korneckiemu. Zapewne snycerz ten pracował również nad wystrojem prospektu organowego. Przemawiają za tym bliskie analogie stylistyczne pomiędzy dekoracją chóru i fasady instrumentu. Pozłocenie prospektu i odmalowanie organów nastąpiło dopiero w 1820 roku. W tym samym roku I. Ziernicki dokonał ostatecznej regulacji samego instrumentu.
W latach 40. XIX stulecia sygnalizowano konieczność remontu organów, jednak prace renowacyjne podjęto dopiero w 1858 roku. Wówczas to Antoni Sapalski rozszerzył dyspozycję, dobudowując trzeci manuał wyposażony w następujące głosy:
W obliczu pogarszającego się stanu organów mariackich w 1986 roku powołano komisję do spraw remontu bądź przebudowy tegoż obiektu. Prace komisji były koordynowane przez prof. Jana Jargonia, który opracował projekt przebudowy organów zrealizowany w latach 1987-1989. W nowej 56-głosowej dyspozycji wykorzystano 33 głosy pochodzące z dawnych obiektów. Prace organmistrzowskie prowadziła wówczas firma Włodzimierza Truszczyńskiego. Organy wyposażono w mechaniczną trakturę gry, elektryczną trakturę rejestrów współpracującą z elektronicznym systemem pamięci typu Setzer o 32 kombinacjach oraz nowy stół gry firmy Otto Heuss wbudowany centralnie w cokół szafy organowej. Głos Subcontra 32', pierwotnie otwarty, przebudowano na kryty.
Instrument posiada 56 głosów, rozdzielonych na 3 manuały i pedał. Traktura gry mechaniczna, traktura gry elektryczna.